Türkiye kıyılarında ilk fener kurulması 1856 yıllarına rastlamaktadır. Bu tarihte Osmanlı Devleti ile Fransızlar arasında fenerlerin işletilmesi konusunda bir imtiyaz sözleşmesi imzalanmıştır. “Fenerler İdaresi Umumiyesi Müdürlüğü” adı altında yürütülen bu hizmet 01.01.1938 tarihinde 3302 sayılı kanunla satın alınarak Denizbank’a bağlanmıştır.
Tahlisiye hizmetleri, Osmanlı Devleti’nce 1869 tarihinde “Tahlisiye İdaresi” adı altında kurulmuş ve 1881 yılına kadar Osmanlı Bahriyesi bünyesinde yürütülmüştür. 1883 yılında Avrupa devletlerinin müdahalesiyle (bir yönetmelik düzenlenerek) seçilen Avrupa delegesi (İstanbul İngiliz Konsolosu) yönetiminde “Liman Riyaseti”nce yürütülmeye devam olunmuştur.
Birinci Dünya Savaşı’nın başlamasıyla 1915 yılından 1920 yılına kadar Osmanlı Devleti’nin idaresinde yürütülen tahlisiye hizmetleri, savaş sonunda 05.11.1920 tarihinde İngiliz, Fransız ve İtalyan murahhaslardan oluşan heyet tarafından idare edilmeye başlanmıştır. Kurtuluş Savaşı sonrası 09.06.1923 tarihinde tahlisiye teşkilatının yönetimi Türkiye’nin idaresi altına girmiş ve Milli Savunma Bakanlığı bünyesinde faaliyet göstermiştir.
14.04.1925 tarih ve 617 sayılı kanunla bağımsız bir Genel Müdürlük olarak faaliyet gösteren tahlisiye teşkilatı 1938 yılında Denizbank bünyesine alınmıştır.
30.06.1939 tarih ve 3633 sayılı kanunla Denizbank kapatılmış ve Fener ve Tahlisiye hizmetleri 01.07.1939 tarihinde kurulan “Devlet Deniz Yolları ve Devlet Limanları İşletmesi Umum Müdürlüğü”ne bağlanmıştır. 4517 sayılı kanunla bu Genel Müdürlük kapatılmış 01.02.1944 tarihinden itibaren “Devlet Deniz Yolları ve Limanlar Umum Müdürlüğü” adı altında kurulan teşkilata Kıyı Emniyeti İşletmesi olarak bağlanmıştır. 01.03.1952 tarih ve 5842 sayılı kanunla bu Genel Müdürlük de kapatılmış ve bu hizmetler Denizcilik Bankası T.A.O. bünyesinde işletme olarak yürütülmeye başlanmıştır.
Gemi Kurtarma hizmetleri 1926 yılında İngilizlerce kurulan “Kilcker and Walkers Co.” isimli kumpanya ile başlamıştır. 1930 yılında Kabotaj Kanununun yürürlüğe girmesiyle kumpanya “Türk Kurtarma Ltd.” adını almıştır. 1952 yılında 5842 sayılı kanunla Denizcilik Bankası T.A.O.’ nın kurulmasıyla kurtarma faaliyetleri bu şirket bünyesinde devam etmiştir.
Yukarıda belirtilen Fener, Tahlisiye ve Gemi Kurtarma faaliyetleri; 10.10.1983 tarihinde Türkiye Denizcilik Kurumu (TÜDEK) adı altında teşkilatlanmış ve nihayet 08.06.1984 tarih ve 233 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Türkiye Denizcilik İşletmeleri haline getirilen teşekkül bünyesinde, kıyı emniyeti hizmetleri olarak faaliyet göstermeye devam etmekte iken, 08.06.1984 tarih ve 233 sayılı Kamu İktisadi Teşebbüsleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname hükümlerine tabi olarak ve söz konusu Kanun Hükmünde Kararname çerçevesinde faaliyette bulunmak üzere, Bakanlar Kurulunun 12.05.1997 tarih ve 97/9466 Sayılı kararı ile Kıyı Emniyeti ve Gemi Kurtarma İşletmeleri Genel Müdürlüğü adı altında bir Kamu İktisadi Kuruluşu olarak teşkil olunan kuruluş bünyesine alınmıştır. Türk Boğazları Gemi Trafik Hizmetleri (TBGTH), Milli Güvenlik Kurulu’nun tavsiye kararına istinaden Bakanlar Kurulu Kararı ile Denizcilik Müsteşarlığı yatırım programına alınmış, sistemin işletme, bakım-onarım ve idamesi Bakanlar Kurulu Kararı ile Kuruluşumuza verilmiştir.
İstanbul Boğazı, Çanakkale Boğazı ve Marmara Denizi’nden oluşan Türk Boğazları’nda belirlenen hizmet alanı içinde; deniz trafik emniyetini arttırmaya yönelik bilgi hizmeti, seyir yardımı hizmeti ve trafik organizasyonu hizmeti vermek amacıyla TBGTH sistemi projesinin birinci aşamada; 1 Temmuz 2003 tarihinde fiziki açılışı, ikinci aşamada; 30 Aralık 2003 tarihinde sistem testleri ve operatörlerin görev başı eğitimleri tamamlanarak sistem devreye alınmış, üçüncü aşamada; 2 Temmuz 2008 tarihinde sistemin Marmara Denizi ilavesi fiziki açılışı yapılmış ve dördüncü aşamada; 31 Aralık 2008 tarihinde Marmara Denizi ilavesi devreye alınarak Ege Deniz’inden Karadeniz’e kadar Türk Boğazları’nda kesintisiz GTH verilmesi projesi gerçekleştirilmiştir.
Bakanlar Kurulu’nun 21/10/2013 tarihli ve 5498 sayılı kararı ile; Türk Boğazları Gemi Trafik Hizmetleri Sisteminin taşınırları ile İzmit, İzmir ve Mersin Gemi Trafik Hizmetleri Sistemlerinin İşletme yetkisi Kuruluşumuza verilmiştir.
Telsiz İşletme Müdürlüğü, “Yurtdışı Muhabere” adıyla Osmanlı Devleti’nin son dönemlerinde ve Cumhuriyetin ilk yıllarında yurtdışı yazılı haberleşme (mors yoluyla telgraf) ihtiyacını karşılamıştır. “PTT İdaresi” adı altında bu hizmeti geliştirerek Telsiz telefon ve telex hizmetini de vermeye başlamıştır. Uydu ve Radyo link sistemlerinin gelişmesi sonucu yurtdışı muhabere hizmetinin bu sistemlere kayması ve bu arada uzak mesafe deniz haberleşme ihtiyacının artması sonucu buradaki sistemler deniz telsiz haberleşmesine kaydırılmıştır.
1994 yılında Türk Telekom A.Ş.’nin kurulması ile deniz haberleşmesi “Telsiz İşletme Müdürlüğü” adıyla hizmetine Türk Telekom bünyesinde devam etmiştir. Deniz haberleşmesinin artan öneminden dolayı bu birim Türk Telekom A.Ş. Genel Müdürlüğüne bağlı Müstakil Ünite haline getirilmiştir. Telsiz İşletme Müdürlüğü (Türk Radyo) 5189 Sayılı Kanun ile 01.07.2005 tarihinde fiilen Kuruluşumuza bağlanmıştır. Ayrıca 05.11.2008 tarih ve 27050 sayı ile Resmi Gazete’de yayınlanıp yürürlüğe giren 5809 sayılı Elektronik Haberleşme Kanununun 42 inci ve 43 üncü maddeleri ile; Sahil telsiz istasyonları, her çeşit deniz ve hava bandı telsiz haberleşme sistemlerini ve sahil telsiz istasyonları üzerinden yapılan seyir güvenliği haberleşmesi dâhil telsiz haberleşme sistemlerini kurma, kurdurma, kullanma izinlerini verme, deniz bandı telsiz haberleşme ve seyrüsefer cihazlarına çağrı kodu ve benzeri tahsis ve tescil işlemleri yürütme, Amatör Telsizcilik Belgesi verilmesi ve LRIT Ulusal veri merkezinin işletilmesi, Kuruluşumuza devredilmiştir.
Milli Güvenlik Kurulunun 27.12.1995 tarih ve 388 sayılı tavsiye kararına istinaden, 24.07.1996 tarih ve 96/8370 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile söz konusu proje Denizcilik Müsteşarlığı yatırım programına alınmıştır.
Projenin yeniden ihale edilebilmesi için daha önce hazırlanan şartnameler gözden geçirilerek 15.12.1998 tarihinde ihaleye çıkılmıştır. İhale kapsamında 12.04.1999 tarihinde firma teklifleri alınmıştır. Teknik değerlendirme komisyonu ve ihale komisyonunun yaptığı çalışmalar sonucunda, 24.09.1999 tarihinde Amerika’da yerleşik Lockheed Martin Overseas Corporation firmasına ihale edilmiştir. İhaleyi kazanan firma ile Denizcilik Müsteşarlığı arasında akdedilen sözleşme 18.04.2000 tarihinde Sayıştay'ca tescil edilerek hükmiyet kazanmış olup, yüklenici firma yükümlülüğü başlatılmıştır.
Sistemin, işletme, bakım-onarım ve idamesi 02.08.2002 tarih ve 2002/4636 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile eski ismi ile Kıyı Emniyeti ve Gemi Kurtarma İşletmeleri Genel Müdürlüğü, yeni ismi Kıyı Emniyeti Genel Müdürlüğü olan kuruluşumuz tarafından yapılmaktadır. Bu amaçla Kıyı Emniyeti ve Gemi Kurtarma İşletmeleri Genel Müdürlüğü ile Denizcilik Müsteşarlığı arasında 26.09.2002 tarihinde ikinci bir protokol tanzim edilerek yürürlüğe konmuştur.
Türk Boğazları Gemi Trafik Hizmetleri, inşaat işleri ve ekipman donatımı tamamlanıp, personel ile donatılarak 1 Temmuz 2003 Kabotaj Bayramında Sn. Başbakanın katılımı ile törenle açılmıştır. Başlangıçtaki ilk 6 aylık süre boyunca sistem muhtemel operasyonel ve yönetimsel eksikliklerin tamamlanması ve operatörlerin eğitim seviyelerinin geliştirilmesi için test edilmiştir. Bu eğitim sürecinin devamında sistem, 30 Aralık 2003 tarihinden itibaren operasyonel olarak hizmet vermeye başlamıştır.
Kuruluşumuz unvanı hizmet alanının genişlemesi nedeni ile akden ve hukuken kazanılmış hak ve yetkileri ile sorumlulukları saklı kalmak şartıyla, Yüksek Planlama Kurulu’nun 07.02.2007 tarih ve 2007/ T-3 sayılı kararı ile "KIYI EMNİYETİ GENEL MÜDÜRLÜĞÜ" olarak değiştirilmiş ve 27/03/2007 tarih ve 26475 sayılı Resmi Gazetede yayınlanarak yürürlüğe girmiştir.
Kılavuzluk hizmetlerinin Osmanlı Devleti’nde modern yöntemler ve işletmecilik anlayışı ile gerçekleştirilmesi düşüncesi, ilk kez XIX. Yüzyılın sonlarında gündeme gelmiştir. Artan deniz trafiğine bağlı olarak kimi sermayedarlar, kılavuzluk hizmeti verecek işletmelerin karlı bir yatırım alanı olacağını düşünerek, Osmanlı Devleti’nden kılavuzluk imtiyazları talebinde bulunmuşlardır. Bu talep, Kılavuzluk imtiyazı verilmesinin devletin çıkarları açısından özellikle “Boğazlar Payitaht-ı Saltanat-ı Seniyenin kapıları hükmünde olup,” ifadesi ile İstanbul’un güvenliği açısından sakıncalı bulunmuştur.
13 Ocak 1924 tarihli Bakanlar Kurulu kararıyla Türkiye sahillerinde kılavuzluk imtiyazı Türkiye Seyr-i Sefain İdaresi’ne verilmiştir. Bu amaçla Kılavuzluk ve Römorkörcülük Müdüriyeti adıyla bir şube kurulmuştur. Türkiye Seyr-i Sefain İdaresi’ne verilen imtiyazı, diğer yasal düzenlemeler izlemiştir. 14 Nisan 1925’de yürürlüğe giren 618 sayılı Limanlar Kanunu ile kılavuzluğun kayıt altına alınabilmesi söz konusu olmuştur. 1 Temmuz 1926’da yürürlüğe giren 815 sayılı Kabotaj Kanunu ile kılavuzluk Türk Vatandaşlarına hasredilmiştir.
1930’larda dünya barışını tehdit eden gelişmelerin belirmesi, Lozan Antlaşması ile Boğazlar üzerinde elde etmiş olduğu haklarını güvenliği için yetersiz bulan, yani Boğazların silahsızlandırılmasını ve Boğazlar Komisyonu’nun egemenlik haklarını sınırlandırdığını düşünen Türkiye, Boğazlar rejiminin yeniden düzenlenmesi için bir konferans toplanmasını talep etmiştir. Bu bağlamda toplanan Montrö Konferansı’nın sonunda imzalanan ve 09 Kasım 1936’da yürürlüğe giren Montrö Boğazlar Sözleşmesi ile Türk Boğazları’nın bugün de geçerli olan statüsü belirlenmiştir. Buna göre ticaret gemileri kılavuz kaptan alma zorunluluğu olmaksızın Boğazlardan geçiş serbestîsi kazanmışlardır.
İkinci Dünya Savası’ndan sonra dünya deniz ticaret hacminde ve gemi filosunda büyüme kaydedilmiş, bu gelişme Türk Boğazları’ndan geçen gemi trafiğine yansımıştır. Deniz trafiğindeki yoğunluk, beraberinde kazaları getirmiş, Türkiye bu süreçte Boğazlar trafiğine yönelik yeni düzenlemeler yapmak gerekliliğini hissetmiştir. Bu bağlamda 11 Ocak 1994’de Resmi Gazete’de yayınlanarak 1 Temmuz 1994’de yürürlüğe giren Boğazlar ve Marmara Bölgesi Deniz Trafik Düzeni Hakkında Tüzük yayınlanmıştır. Bu Tüzüğü, 1998 ‘de yürürlüğe giren Türk Boğazları Deniz Trafik Düzeni Tüzüğü izlemiştir.
Özelleştirme Yüksek Kurulu’nun 04.05.2010 tarih ve 2010/29 sayılı kararı gereği Türkiye Denizcilik İşletmeleri A.Ş. Genel Müdürlüğü’nün Türk Boğazlarında ve İzmir’de vermekte olduğu kılavuzluk ve römorkör hizmetleri 15.06.2010 tarihi itibariyle kuruluşumuz tarafından verilmeye başlanmıştır.